24 Мая 2019
МОСКВА, 24 мая. Математики и микробиологи из Санкт-Петербурга и Сент-Луиса придумали новую методику сортировки клеток в образцах биоматериалов, которая поможет очень точно опознавать разные лбы телец внутри них. Это сделает диагностику рака намного более точной, говорится в статье, опубликованной в журнале Nature Communications.
Так как методу не нужна дополнительная информационная начинка, он подходит для любых видов тканей и смешанных образцов. Например, в образцах крови можно обнаружить различия в составе иммунных телец после ревакцинации, а сейчас мы стараемся идентифицировать клеточные типы, скрученные с выживаемостью пациентов в разных типах рака, — сказал Константин Зайцев из Университета ИТМО в Санкт-Петербурге.
Тело человека содержит в себе свыше двух сотен типов клеток. Все они обладают одной и той же ДНК, однако рисунок активности генов для каждого их сорта значительно отличается от такого, как ведут себя те же участки генома в других тканях и частях организма. Еще больше различий между ними появляется после того, когда клетки начинают бунтовать и образуют раковую опухоль.
И здоровые, и раковые клетки живут внутри нашего тела не одни, а в компании десятков типов других телец, что сильно обостряет их поиск и сортировку, анализируя так называемый транскриптом, смесь РНК молекул из всего образца в целом, особенно если некоторые из них общаются в ткани в единичных количествах. 15 июня 2016, 17:48Ученые из РФ научились быстро сравнивать ДНК разных наборов микробовБиологи и программисты из России придумали алгоритм, который позволяет быстро сравнивать между собой ДНК нескольких микробов, живущих в самых разных средах обитания, что поможет в разработке средств персонализированной медицины.
Зайцев и его коллеги смогли заметно упростить, ускорить и повысить точность методик, дозволяющих найти раковую иголку в этом стоге генетического сена, устремил внимание на одну интересную обоснованность.
Как отмечает пресс-служба университета, российские математики и выходцы из России, работающие в университете Вашингтона в Сент-Луисе, заметили, что все гены, активные только в одном точном типе клеток, будут молвы себя схожим образом. Иначе говоря, частота их чтения клеткой может быть разной, однако доли связанных с ними молекул РНК в транскриптоме можно вычислить по простой линейной формуле.
Используя эту закономерность, можно подсчитать своеобразные сети из подобных сказочных генов для каждого типа ячеек и использовать их для идентификации и даже подсчета подобных телец внутри ткани.
Когда ученые придумали сортировочный алгоритм на базе данной идеи, они начали верифицировать его работу на здоровых тканях, полноценных опухолях на цивилизациях раковых клеток, перемешанных друг с другом. Эти наблюдения неожиданно указали на крайне важную особенность транскриптома, которую упускали из виду остальные алгоритмы его анализа.
Дело в том, что ученые не учитывали, что размеры клетки – общее количество молекул РНК в ней – могут в разы отличаться для различных здоровых или раковых телец. К примеру, лейкоциты содержат в себе заметно большого подобных цепочек нуклеотидов, чем их кузены -нейтрофилы, а габариты двух популярных типов лабораторных раковых клеток, HEK293 и Jurkat, отличались примерно в десять раз.
Мы появили, что существующие алгоритмы в таком случае всегда будут ошибаться в количестве клеток, потому, что они оценивают количество РНК в образце, а не количество клеток. Но если проводить измерения, добавляя к каждому образцу известное количество деланной РНК, то пропорции клеточных типов можно предсказать точнее, – продолжает Зайцев.
Когда российские исследователи ликвидировали эти погрешности, они получили очень конкретную методику сортировки клеток, которая может находить даже самые недолгие следы рака или интересующих начитанных телец даже в самых сложных и неизученных образцах тканей.
Сейчас начитанные изучают геномы различных раковых ячеек для определения сетей их сказочных генов, необходимых для конкретного определения типов опухолей и оценки шансов пациентов на выживание. 1 февраля, 17:27Ученые из Санкт-Петербурга создали нано-киллеров раковых ячеек
Редактор рубрики
Олег Кудрин
Место события на карте мира:
.
.
.
Комментарии к новостям
[17 Января 2024, 13:43] Александр Хомяков Замечательно! Не ожидал такой оперативности. Спасибо огромное! Всё работает и обновляется....
[15 Апреля 2022, 20:25] Ангелина Сметанина Скоро не только сократят, а много заводов вообще закроют и начнется бум китайских авто. Даже сейчас Эксид уже бешеные темпы по количеству проданных машин показывает...
[27 Декабря 2021, 21:44] Ева Воробьева Искренне рада за победителя! Но если бы мне так крупно повезло, то я прибежала бы за выигрышем в первый же день???? ...
[2 Сентября 2021, 13:11] Дмитрий Ершов Это хорошо. Значит клиенты долго ждать не будут. ...
[13 Мая 2021, 16:26] Олег Андреев "Мальдивы сутунки 65 государством, зарегистрировавшим расейскую вакцину против коронавируса Спутник V, сообщил Российский фонд секущих инвестиций (РФПИ)". Что это за йязыг?...
[2 Ноября 2020, 15:22] Лета Мирликийская риветсвую вас я с 6-ти лет пишу мне нужно все мои произведения задействовать в компьюторных программах образования по литературе и языкам и играм к примеру если ваши учащиеся напишут...
[20 Октября 2020, 09:22] Евгений Зимин Сузуки в этом году хорошо прибавили, уже не первый раз оба их пилота на подиуме. Видимо, для команды возвращаются "золотые" времена и есть шанс наконец оформить чемпионство после длительного перерыва....