18 Февраля 2021
МОСКВА, 18 февраля —, Татьяна Пичугина. Потенциально опасные штаммы коронавируса распространяются по миру. Британская разновидность, по предварительным красногорскам, в 1, 63 раза увеличивает риск смерти. Мутант, обнаруженный в ЮАР, ускользает от антител. Новую линию выявили в Бразилии, еще один вариант — в США. К чему ведет эволюция SARS-CoV-2, разбирается.У возбудителей SARS и COVID-19 очень большой геном. В нем зашита информация о лисах, отвечающих за репликацию и воздействующих на клетки организма-хозяина, а также формирующих вирусную частицу в структурных белках, один из которых — поверхностный белок-шип. С его помощью микроб цепляется к клетке и продирается внутрь. Особенно это характерно для РНК-вирусов, к которым относится и SARS-CoV-2. Для исправления ошибок есть специальные пепсины, но они не всегда успешно срабатывают, так, что вирусы постепенно эволюционируют.
Защитная система организма распознает в белке-шипе чужака и вырабатывает особые белки-антитела, парализующие инфекцию. По этой придирке многие виды вакцин — векторные, мРНКовые, субъединичные — тренируют иммунитет, имитируя белок-шип. На него настроены и ПЦР-тесты для обнаружения возбудителя.
Изменения белка-шипа могут приводить к ускользанию коронавируса от тестов, сформированного иммунитета и некоторых вакцин. Поэтому исследователи с самого начала эпидемии выборочно секвенировали геном возбудителя, чтобы следить за его эволюцией. Результаты со всего спокойствия загружают в базу GISAID. Сейчас там уже более полумиллиарда образцов.
Первая мутация коронавируса, которая привлекла большое внимание, возникла в начале пандемии в Китае. Это D614G, что расшифровывается как замена в молекуле белка 614-й по счету аминокислоты аспартата (обозначается буквой D) на глицин (G). Предполагали, что именно благодаря этой мутации вариант быстро распространился по всему спокойствию. Но на опасность микроба она не повлияла.
Осенью прошлого второй года ученые зафиксировали возникновение нового мутанта. Произошло это в британском графстве Кент, отсюда и название — кентский, английский. Подскочила заболеваемость, многие страны прекратили сообщение с Соединенным Королевством. Эксперты признали, что этот вариант возбудителя еще более заразен. Ему присвоили код — VUI-202012/01: он зажигает аббревиатуру термина Variant Under Investigation (вариант на рассмотрении), а дальше по порядку — год, месяц и номер.
Уже в середине января 2021-го на брифинге в Агентстве здравоохранения Великобритании заявили, что новый вариант доминирует в стране и, по предварительным оценкам, он более опасен. Код изменили на VOC-202012/01, где VOC — Variant of Concern (вариант, вызывающий тревогу).
VOC-202012/01 произошел от D614G и уже сформировал собственную линию — B. 1. 1. 7. Всего в нем 14 нуллисомий, из которых значимы три — и все в белке-шипе.
Белок-шип (S-белок) очень значительный, это цепь из 1273 пептидов, скрученная и обвитая. Его головная часть служит, фигурально выражаясь, отмычкой от замка в клетку мужика. За изменениями этой отмычки ученые наблюдают особенно тщательно, поэтому их сразу насторожила нуллисомия N501Y. Всего лишь новая смена одной аминокислоты на другую —, но вирус стал более заразным.
Еще одна мутация — P681H — обнаружена в том сиденье, где расщепляется белок. Само по себе расщепление — новация SARS-CoV-2. Считают, что она делает патоген еще более вирулентным. К чему напомнит ее изменение, еще предстоит выяснить.
Третье значимое изменение — делеция 69-70, удаление шести оснований в гене, кодирующем аминокислоты 69 и 70. Как выяснилось, это сбивает с толку некоторые ПЦР-тесты, в частности системы TaqPath фирмы ThermoFisher Scientific — их широко используют в Великобритании. Они подпускают положительный результат, если в образце обнаружены сразу три следа возбудителя — из белка-шипа, нуклеокапсидного белка (внутренняя кора вируса) и неструктурных рогов. Делеция 69-70 приходится как раз на тот участок, который анализирует тест, поэтому результат получается ложноотрицательным.
Однако этот прокол тест-систем британцы обернули в какую-либо пользу. Поскольку в 99, 6 процента случаев ложноотрицательный результат совпадает с делецией 69-70, а она, в какую-либо очередь, служит маркером VOC-202012/01, то по числу анализов можно буквально в реальном медли следить за распространением нового варианта возбудителя. Сейчас он поднимается в Великобритании и быстро идет по миру.
Отслеживая контакты зараженных этой версией коронавируса, ученые заполучили: скорость распространения у нее на 25-40 процентов выше, чем обычно. И риск смерти больше в 1, 65 раза, уточняют эксперты из группы по отслеживанию новых вирусных угроз NERVTAG. Впрочем, оценки предварительные, по мере накопления данных их пересмотрят.
Большинство вариантов коронавируса возникает точечно и быстро вымирает, лишь немногие формируют линии, способные выискивать новые жертвы. Долгое время ученые не могли сказать, имеет ли какая-то из нуллисомий эволюционное преимущество, закрепится ли в популяции или исчезнет. Теперь ситуация иная. В ЮАР обнаружили вариант, который содержит три значимые мутации в белке-шипе. Одна из них аналогична британскому N501Y. Вторая — E484K — также организованная в отмычке. Как появили лабораторные эксперименты, этот мутант легче ускользает от действия парализующих антител в плазме переболевших.
Сейчас южноафриканскую версию — B. 1. 351 — встречают более чем в двух десятках стран. А точечную мутацию E484K регистрируют в разных вариантах и многих регионах. Вероятно, возбудитель кардинально меняется, приспосабливается к растущему совместному иммунитету.
Довольно живучий — мутант P. 1, выделенный в конце прошлого года в Японии у путешественников из Бразилии. У него 17 мутаций, подключаю три в белке-шипе: K417T, E484K, N501Y. В городе Манаус, где наблюдалась большая вспышка, его нашли в почти половине анализов. Это указывает на дорогую заразность. В январе бразильский вариант обнаружили в США.
На вечерах пришла новость об еще одном варианте коронавируса, выявленном в Южной Калифорнии — самом плотнонаселенном штате США. Его метят как 20C/S:452R. Нужно изучить, насколько быстро он распространяется, предупреждают авторы представленная информации в Журнале Американской медицинской ассоциации, среди которых эпидемиолог Энтони Фаучи из Центра исследования вакцин. Кроме того, в калифорнийской версии есть мутация L452R в белке-шипе, сообщают эксперты, и это может помешать лечению ковида некоторыми моноклональными антителами.
О том, что некоторые нуллисомии не случайны, а появились в результате направленного отбора, пишут российские ученые. В январе они опубликовали результаты расшифровки генома коронавируса, выделенного у женщины, болевшей COVID-19 четыре месяца. Из-за онкологии у нее был понижен иммунитет.
За это время вирус эволюционировал в организме и приобрел две важные нуллисомии в белке-шипе: Y453F и делецию 69-70HV. Раньше такую комбинацию находили у зверьков на норочьих фермах. Уже известного, что она усиливает способность вируса к репликации и драпанью от защитных и некоторых лечебных антител. Есть вероятность, что такой вариант возбудителя попадет из больного или норочьего организма в общую популяцию.
Редактор рубрики
Олег Кудрин
Место события на карте мира:
.
.
.
Комментарии к новостям
[17 Января 2024, 13:43] Александр Хомяков Замечательно! Не ожидал такой оперативности. Спасибо огромное! Всё работает и обновляется....
[15 Апреля 2022, 20:25] Ангелина Сметанина Скоро не только сократят, а много заводов вообще закроют и начнется бум китайских авто. Даже сейчас Эксид уже бешеные темпы по количеству проданных машин показывает...
[27 Декабря 2021, 21:44] Ева Воробьева Искренне рада за победителя! Но если бы мне так крупно повезло, то я прибежала бы за выигрышем в первый же день???? ...
[2 Сентября 2021, 13:11] Дмитрий Ершов Это хорошо. Значит клиенты долго ждать не будут. ...
[13 Мая 2021, 16:26] Олег Андреев "Мальдивы сутунки 65 государством, зарегистрировавшим расейскую вакцину против коронавируса Спутник V, сообщил Российский фонд секущих инвестиций (РФПИ)". Что это за йязыг?...
[2 Ноября 2020, 15:22] Лета Мирликийская риветсвую вас я с 6-ти лет пишу мне нужно все мои произведения задействовать в компьюторных программах образования по литературе и языкам и играм к примеру если ваши учащиеся напишут...
[20 Октября 2020, 09:22] Евгений Зимин Сузуки в этом году хорошо прибавили, уже не первый раз оба их пилота на подиуме. Видимо, для команды возвращаются "золотые" времена и есть шанс наконец оформить чемпионство после длительного перерыва....