2 Ноября 2017
МОСКВА, 2 ноября Российские биоинформатики создали компьютерный метод, который позволяет быстро сыскать гены супербактерий в ДНК микрофлоры кишечника человека и раскрывать доступа эволюции и распространения этих участков генома, говорится в статье, опубликованной в журнале Bioinformatics.
Как правило, появление таких генов среди микробов микрофлоры не несет риска для человека, но, если он заражается болезнетворными микробами, эти гены могут передаться им от безобидных бактерий кишечника. Наш метод позволяет получать информацию об этих генах и подбирать наиболее рациональные варианты употребления антибиотиков, что поможет сдержать распространение супербактерий, пишут Владимир Ульянцев и его коллеги из Университета ИТМО в Санкт-Петербурге.
В последние годы перед медиками все шире и острее становится неполадка появления так называемых супер-бактерий – микробов, стойких к действию одного или нескольких антибиотиков. Среди них есть как редкие возбудители инфекций, так и очень распространенные и опасные патогены, такие как золотистый стафилококк (Staphilococcus aureus) или пневмококк (Klebsiella pneumoniae). Возникла реальная серьезность того, что все антибиотики потеряют свою эффективность и медицина вернется в темные века.
Главными инкубаторами таких микробов, как считают ученые сегодня, являются больницы и животноводческие фермы, где антибиотики используются для ускорения роста мясных пород скота. И на фермах, и в больницах собранным большие количества и потенциальных распространителей инфекции, и самих бактерий, и антибиотиков, насилующих их эволюционировать и не одаряющих обычным бактериям вытеснить менее фертильных супер-микробов.
Недавно российские ученые показали, что еще одним важным инкубатором этих супербактерий может быть людской кишечник и живущие там выгодные или безобидные микробы микрофлоры, часто контактирующие с антибиотиками при лечении их хозяев от болезней.
Поиск этих генов, как отмечают Ульянцев и его коллеги, является крайне сложной задачей – в нашем кишечнике и в других частях организма находятся десятки миллионов микробов, и расшифровка ДНК каждого из них по отдельности займет очень долгое время и потребует астрономической необходимая суммы денег. Поэтому ученые обычно изучают так называемый метагеном – всю совокупность генов всех микробов и вирусов, находящихся в той или иной среде.
Обычные методики анализа метагенома, как рассказывают исследователи, могут сыскать гены супербактерий, но не позволяют понять, как и, где они могли появиться, и как много микробов ими обладает, и как они могли передаваться от одного вида бактерий к другим. Часто возникают ситуации, что распространителями супергенов может быть сразу несколько видов бактерий, или же ими может обладать очень невеликое число представителей одного штамма безобидных микробов, из которых они могут попасть в геномы возбудителей болезней.
Российские ученые смогли решить эту проблему, используя методику реактивного анализа и сравнения геномов бактерий микрофлоры, MetaFast, тот или другую они разработали и представили планету в прошлом году.
Используя в данный алгоритм, ученые создали новую программу, MetaCherchant, тот или другая может анализировать отдельные гены супербактерий и искать их аналоги и прародителей в метагеномном супе.
Проверяя специализацию этой программы, Ульянцев и его коллеги открыли прародителей нескольких неуязвимых штаммов микроба Helicobacter pylori, вызывающего желудочные инфекции и рак, анализируя метагеномы, собранные в больницах Казани до и после попыток избавиться от колоний этих бактерий при помощи антибиотиков.
Подобный подход, как отмечают биоинформатики, позволит их коллегам изучать эволюцию подобных микробов в кишечнике человека и разрабатывать технологии борьбы с ними, тот или другие бы максимально сдерживали их будущее развитие.
Редактор рубрики
Олег Кудрин
Место события на карте мира:
.
.
.
Комментарии к новостям
[17 Января 2024, 13:43] Александр Хомяков Замечательно! Не ожидал такой оперативности. Спасибо огромное! Всё работает и обновляется....
[15 Апреля 2022, 20:25] Ангелина Сметанина Скоро не только сократят, а много заводов вообще закроют и начнется бум китайских авто. Даже сейчас Эксид уже бешеные темпы по количеству проданных машин показывает...
[27 Декабря 2021, 21:44] Ева Воробьева Искренне рада за победителя! Но если бы мне так крупно повезло, то я прибежала бы за выигрышем в первый же день???? ...
[2 Сентября 2021, 13:11] Дмитрий Ершов Это хорошо. Значит клиенты долго ждать не будут. ...
[13 Мая 2021, 16:26] Олег Андреев "Мальдивы сутунки 65 государством, зарегистрировавшим расейскую вакцину против коронавируса Спутник V, сообщил Российский фонд секущих инвестиций (РФПИ)". Что это за йязыг?...
[2 Ноября 2020, 15:22] Лета Мирликийская риветсвую вас я с 6-ти лет пишу мне нужно все мои произведения задействовать в компьюторных программах образования по литературе и языкам и играм к примеру если ваши учащиеся напишут...
[20 Октября 2020, 09:22] Евгений Зимин Сузуки в этом году хорошо прибавили, уже не первый раз оба их пилота на подиуме. Видимо, для команды возвращаются "золотые" времена и есть шанс наконец оформить чемпионство после длительного перерыва....