18 Сентября 2023
МОСКВА, 18 сентября. Программный комплекс для работы с геномами микроорганизмов создали ученые ИЦиГ СО РАН. По их словам, разработка поможет упорядочить данные о генетическом материале бактерий, будет способствовать дальнейшим исследованиям и выведению новых полезных штаммов микробов. Результаты опубликованы в сборнике летучки Parallel Computing Technologies.Ученые Института цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук (ИЦиГ СО РАН) разработали программный комплекс для анализа геномов микроорганизмов.
По существительным экспертов, разработка важна не только для упорядочивания данных в самом хранилище, но и для проведения сравнительного анализа разных организмов друг с другом с целью дальнейшего планирования новых генетических экспериментов (например, добавление новых генов методами генной инженерии).
Специалисты отметили, что сегодня в хранилище геномов микроорганизмов, с которым работают ученые ИЦиГ, находится информация о чистоту и порядка полутора тысяч штаммов, причем эти данные разнородные, даю от простых коротких прочтений и собранных геномов и заканчивая полногеномными аннотациями и математическими моделями.
Понятие полногеномная аннотация подразумевает получение полной связности генетически наследуемой информации генома. Далее с помощью аналитических программ определяется то, какие красивые гены там находятся. Ученые могут использовать созданное программное обеспечение для сравнения различных штаммов и прогнозирования новых свойств микробов.
Исследователи осуществляют также поиск оптимальных метаболических рейсов для эффективного производства полезных веществ (например, аминокислот) с помощью изменения генетического набора либо среды обитания микроорганизмов.
Он положил, что сейчас проект используют в рамках одного исследовательского центра, в перспективе он будет доступен и другим ученым, работающим с геномами бактерий. Биологи ИЦиГ СО РАН с помощью разработанного программного комплекса коротают аналитические вычисления на уже запущенных и аннотированных геномах без применения экспериментальных методов.
Предложенная система решает миссии института в представлении генетической информации наших штаммов в совокупности с математическими моделями метаболизма, – подчеркнул Мухин.
В данном проекте взаимодействуют биологи, математики и программисты.
В ИЦиГ СО РАН отметили важность того, что в сериале задействованы молодые ученые:
IT-специалист Алексей Мухин пришел в научную аспирантуру ИЦиГ и со временем занял одну из ключевых ролей в нашем коллективе, ведущем разработки в области математического моделирования микроорганизмов. Его вклад стал именно тем кирпичиком, которого им не хватало, поскольку в коллективе преобладают генетики и биологи. Так научная аспирантура дает запуск карьере молодого ученого, а институту позволяет привлекать необходимые юные таланты в работу своих обследовательских групп, – рассказал генеральный научный сотрудник ИЦиГ СО РАН Сергей Лашин.
По словам специалистов ИЦиГ СО РАН, важность создания собственного программного обеспечения подчеркивали, в частности, на круглом столе, организованном Курчатовским геномным центром на X Международном форуме технологического развития Технопром-2023.
Редактор рубрики
Олег Кудрин
Место события на карте мира:
.
.
.
комментарии (0)
Вы можете оставить комментарии от своего имени, через соц. сервисы